Počiatky výstavby synagógy v Senci sa datujú do dvadsiatych rokov 19. storočia, keď miestna židovská obec mala vyše 60 príslušníkov (1828: 69 osôb). Obec zriadila svoju prvú modlitebňu na hlavnom trhovom námestí. Ako bolo zvykom v období pred židovskou občianskou emancipáciou, synagógy sa stavali vo vnútri uzavretých dvorov, kde boli aj ďalšie komunitné inštitúcie. Synagógy nemali v tej dobe reprezentatívne fasády smerom do verejného priestoru. Slúžili náboženským potrebám komunít, ktoré sa nesnažili byť na verejnosti príliš viditeľné.
Senecká židovská obec sa v priebehu 19. storočia rozrastala a v roku 1900 už mala 414 veriacich. Nastal čas postaviť novú modernú synagógu, ktorá by dôstojne reprezentovala komunitu a dokázala poskytnúť dostatok miesta pre jej všetkých členov. V rokoch 1905 – 1906 bola postavená nová synagóga, ktorá je typickým príkladom synagogálnej architektúry druhej štvrtiny 19. storočia – obdobia, počas ktorého boli postavené mnohé slovenské synagógy. Pre mestské židovské komunity v Uhorsku to bolo obdobie dynamického rozvoja. V tom čase už mali židovskí obyvatelia u nás plné občianske práva, čo je vyjadrené aj v sebavedomej architektúre dobových synagóg. Reprezentatívne uličné fasády zdobili židovské symboly – Dávidove hviezdy a tabule Desatora – dobre viditeľné všetkými obyvateľmi mesta, vrátane kresťanských spoluobčanov.
Hľadanie vhodného historického štýlu bolo súčasťou architektonického diskurzu 19. storočia. Ten ovplyvnil architektúru mnohých typov stavieb (napr. divadiel, vzdelávacích ustanovizní, múzeí, mestských radníc, kostolov). Synagógy neboli výnimkou. Neorománsky štýl mal poukazovať na to, že judaizmus je starší brat kresťanstva (románsky štýl predchádzal gotike, ktorá sa považovala za ideálny štýl pre kostoly). Na druhej strane maurský štýl s typickými podkovovitými oblúkmi (a ďalšími arabskými architektonickými prvkami) odkazoval na orientálne korene židovskej tradície a na zlatý vek židovskej kultúry v moslimskom Španielsku. Senecká synagóga spája oba tieto štýly.
Ako sa vyžaduje pre synagógy, vstupná predsieň je prechodový priestor z profánneho verejného priestranstva do svätyne, kde bola uložená Tóra. Bolo to miesto, kde bolo možné sa pozastaviť a uvedomiť si, že synagóga vznikla ako posvätný priestor na uctievanie Boha. Za dverami vľavo bolo nainštalované malé umývadlo, v ktorom si veriaci umývali ruky pred modlitbou. Pamätnú tabuľu nad umývadlom venoval Šimonovi Popperovi jeho syn Emil v roku 5667 [1906/07]. Popperovci boli bohatí podnikatelia v poľnohospodárstve. Hoci bývali v Bratislave, v Senci boli veľkými mecénmi miestnej židovskej obce. Táto tabuľa bola, žiaľ, v roku 2018 odcudzená.